Biệt Đội Săn Quái Vật xoay quanh cuộc sống của ba học sinh trung học bình thường: Jake, Hayley và Felix. Cuộc sống của họ thay đổi khi được tuyển vào tổ chức bí mật toàn cầu “The Troop”. Tổ chức này chuyên tiêu diệt các sinh vật ngoài hành tinh và quái vật đang xâm nhập Trái Đất.
Với sự hướng dẫn của thầy Kirby, ba học sinh phải cân bằng giữa việc học và nhiệm vụ chiến đấu với quái vật. Những sinh vật mà họ đối mặt rất đa dạng, từ sâu khổng lồ, yêu tinh, người sói, đến sinh vật ăn não.
Bộ phim mang đến một hỗn hợp giải trí gồm hài hước tuổi teen, hành động vui nhộn và một chút kinh dị nhẹ nhàng. Sự kết hợp này đã khiến Biệt Đội Săn Quái Vật trở thành một trong những phim được yêu thích của khán giả nhí và thanh thiếu niên.