Trong vùng đất cổ Yanato, hai thế giới tồn tại song song: cõi trời Lofty Realm, nơi các vị thần ngự trị, và cõi người Lowly Realm, nơi con người sinh sống. Một cô gái trẻ tên Sakuna, con gái của thần chiến tranh và nữ thần mùa màng, đã sống một cuộc sống nhàn rỗi.
Tuy nhiên, cuộc đời Sakuna thay đổi khi cô bị đày đến Hinoe Island, hòn đảo của quỷ dữ. Bị mắc kẹt trên một vùng đất hoang cằn, Sakuna quyết định lên đường để tiêu diệt quỷ dữ và trồng lúa gạo. Từ đó, một cuộc phiêu lưu mới của cô bắt đầu.
Sakuna: Nữ Thần Thu Hoạch Hư Hỏng là câu chuyện về hành trình của Sakuna, một cô gái trẻ với sức mạnh và ý chí, trên con đường chinh phục thử thách và khám phá thế giới mới.