Thổ Thần Tập Sự Phần 2 xoay quanh cuộc sống của Nanami Momozono, một cô gái trẻ buộc phải rời nhà sau khi cha cô bỏ trốn vì nợ nần cờ bạc. Trong lúc tuyệt vọng, Nanami tình cờ giải cứu một người đàn ông yếu đuối bị con chó rượt đuổi. Người đàn ông này, hóa ra là Mikage – một vị thổ thần bỏ nhà ra đi, đề nghị cho Nanami ngôi nhà của mình.
Nanami đi theo Mikage đến một ngôi đền bỏ hoang và chấp nhận các điều kiện của anh ta để trở thành chủ nhân của ngôi đền. Cô trở thành thần thổ địa mới, quản lý quyền lực của Mikage và lắng nghe nguyện vọng của các tín đồ. Qua thời gian, Nanami đối mặt với nhiều thử thách do quái vật và các vị thần khác nhau gây ra, giúp cô tích lũy kinh nghiệm và phát triển tinh thần.
Cuộc sống của Nanami đã thay đổi đáng kể kể từ đó. Cô có tình cảnh thâm sâu không thể xa cách với linh thần Tomoe. Với vai trò mới là Thổ Thần, Nanami học cách điều hành và bảo vệ ngôi đền, đồng thời khám phá thế giới của các vị thần và các sinh vật huyền bí. Mối quan hệ của cô với các nhân vật xung quanh ngày càng phát triển, tạo nên một câu chuyện thú vị và đầy màu sắc.